В сентябре 1943 года Смоленщина была освобождена от нацистских захватчиков. При отступлении немцы разрушили ряд православных храмов. Так, были взорваны постройки Свято-Троицкого Болдинского монастыря, в котором находились авторемонтные мастерские оккупантов.
С освобождение Смоленской земли начинается новый этап в истории местной епархии. Он был связан с изменениями в церковной политике Советского государства, прекращением активных гонений и предоставлением некоторой религиозной свободы. Правда, ряд смоленских священнослужителей подвергся репрессиям за «сотрудничество с оккупантами», пасторские курсы были закрыты, а система атеистической пропаганды восстановлена, но новых массовых преследований за веру и закрытий храмов больше не было.
В 1945 году в Смоленской епархии было 56 действующих храмов. Духовенство состояло из 46 священников и 7 диаконов.